Muhiddin Atayiğit, 1892-1898 yılları arasında Heybeliada Bahriye Mektebi’nde altı yıl eğitim gördükten sonra bahriye zabiti olarak donanmaya katıldı. Mektepte Jön Türk hareketi içinde yer alan öğrencilerle birlikte hareket etmesi onun mesleki hayatını tümüyle etkiledi. Donanmada göreve başladıktan sonra Trablusgarp, Balkan, I. Dünya savaşları ile Milli Mücadele dönemi gibi birbirini takip eden savaş yıllarında cephede görev aldı. Trablusgarp Harbi sırasında Derne’de Binbaşı Enver ve Binbaşı Mustafa Kemal il